Correção na serializacao dos dados da transportadora, estava colocando as tags em branco em campos não obrigatório.

pynfe/processamento/serializacao.py

@@ -176,12 +176,18 @@ class SerializacaoXML(Serializacao):
         raiz = etree.Element(tag_raiz)
 
         # Dados da transportadora
+        if transportadora.numero_documento:
             etree.SubElement(raiz, transportadora.tipo_documento.upper()).text = so_numeros(transportadora.numero_documento)
+        if transportadora.razao_social:
             etree.SubElement(raiz, 'xNome').text = transportadora.razao_social
+        if transportadora.inscricao_estadual:
             etree.SubElement(raiz, 'IE').text = transportadora.inscricao_estadual
         # Endereço
+        if transportadora.endereco_logradouro:
             etree.SubElement(raiz, 'xEnder').text = transportadora.endereco_logradouro
+        if transportadora.endereco_municipio:
             etree.SubElement(raiz, 'xMun').text = transportadora.endereco_municipio
+        if transportadora.endereco_uf:
             etree.SubElement(raiz, 'UF').text = transportadora.endereco_uf
 
         if retorna_string: